春・夏・冬のイベントシーズンに合わせて、年間３回の特別企画展を開催しています。期間限定の企画展では、サメやクラゲなど生きものの生態を特集したものや屋久島やトカラ列島など地域と生きものにスポットを当てたもの、漁業など人と水の生きものにまつわるものなどさまざまなテーマを開催しています。
また、秋には「情報休憩コーナー」として、休憩場所を兼ねた企画展示コーナーとなっています。

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