ニホンイモリは、腹側が赤いので、‘アカハライモリ’ともよばれる日本の固有種です。
流れの穏やかな水中にすみ、水草に体をからめたり泳いだりしてくらしています。
繁殖期は4月から7月で、オスは尾が青紫色になり、メスの前で尾をS字に曲げてふるわせる求愛行動をおこないます。メスは水草を折りたたんだ中に卵をひとつずつ産みつけます。
ふ化したアカハライモリは、幼生の間はえらが体の外に出ており、外鰓（がいさい）とよばれ、よく目立ちます。この時期はまだ水中だけで生活していますが、えら呼吸から肺呼吸に変わる頃に陸上に上がり、成体のイモリになるまでの間は陸上だけで生活します。
鹿児島県内では、南西諸島の島々を除くほぼ全域で確認されています。一方、奄美大島にはアカハライモリの亜種のシリケンイモリが生息しています。